Երևանի պետական համալսարանից 1930 թվին նորաստեղծ Գյուղատնտեսական ինստիտուտ է տեղափոխվել խաղողագործության ամբիոնը, որը ԵՊՀ-ի կազմում հիմնադրվել էր 1927թ.-ին: Պտղաբուծության և բույսերի պաշտպանության ամբիոնները կազմավորվել են 1933 թվին Գյուղատնտեսական ինստիտուտում:

1947թ. այգեգործության ամբիոնը միավորվել է խաղողի և պտղի վերամշակման ամբիոնի հետ ու վերանվանվել այգեգինեգործության ամբիոն: Հայկական գյուղատնտեսական ակադեմիայի կազմավորվելուց հետո` 1994 թ., խաղողագործության, պտղաբուծության և բանջարաբուծության ամբիոնները միավորվել են, իսկ 1997թ. այն վերակազմավորվել է այգեպտղաբուծության և բույսերի պաշտպանության ամբիոնի:

2013-2019 թթ. ամբիոնը ղեկավարել է գ.գ.թ., դոցենտ Ա.Ջ.Տեր-Գրիգորյանը: 2019 թվականից մինչև 2022 թվականի սեպտեմբեր ամբիոնը ղեկավարել է դոցենտ Ա. Մանվելյանը։ Իսկ 2022 թվականի սեպտեմբերից ամբիոնի վարիչի պարտականությունները կատարում է Ագրոնոմիական ֆակուլտետի դեկան, դոցենտ Ա.Ջ.Տեր-Գրիգորյանը:
Ամբիոնը պատրաստում է բույսերի պաշտպանության, խաղողագործության, պտղաբուծության, սորտագիտության ու սելեկցիայի բնագավառների բարձր որակավորմամբ մասնագետներ: Ամբիոնի աշխատակիցների կողմից հրատարակվել են ավելի քան հազար գիտական հոդված, գիտագործնական նշանակության բազմաթիվ գրքույկներ, դասագրքեր, ուսումնական ձեռնարկներ, մենագրություններ:
ՀԱԱՀ-ում գործում է խաղողագործության և պտղաբուծության գիտահետազոտական լաբորատորիան, որը հիմնադրել է պրոֆեսոր Պ.Կ. Այվազյանը, ով 1970-2008թթ. ղեկավարել է այն: Ստեղծվել է խաղողի հարուստ հիբրիդային ֆոնդ, որն ընդգրկում է 35 հազար սերմնաբույս և 550 էլիտային հիբրիդ:
Ամբիոնի աշխատակիցների կողմից ստեղծվել է 24 սեղանի, համապիտանի և տեխնիկական տարբեր ժամկետներում հասունացող խաղողի նոր սելեկցիոն սորտ (հեղինակներ` պրոֆեսորներ Պ.Կ. Այվազյան և Գ.Պ. Այվազյան):

Դոցենտ Գ.Ս. Սանթրոսյանի համահեղինակությամբ ստացվել է ծիրանենու երեք նոր սելեկցիոն սորտ: Ամբիոնում աշխատանքներ են տարվում խաղողի վազի ձևավորման նոր համակարգերի մշակման, սորտային տարբերակված ագրոտեխնիկա մշակելու ուղղությամբ, ծիրանենու այգիներում մշակության նոր տեխնոլոգիաների և սորտերի նկարագրման ու դասակարգման համակարգի ներդրման, ՀՀ հացահատիկային մշակաբույսերի դաշտերում ֆիտոսանիտարական փորձաքննության իրականացման, վնասակար օրգանիզմների տեսակային կազմի բացահայտման, քարտեզագրման, խաղողի վազի, պտղատուների և բանջարային մշակաբույսերի հիվանդությունների և վնասատուների առանձնահատկությունների ուսումնասիրման և պայքարի մշակման վերաբերյալ:

Ամբիոնը համագործակցում է ՄԱԿ-ի Պարենի և գյուղատնտեսության կազմակերպության, Ֆրանսիայի Օռլեանի համալսարանի, Կրասնոդարի մարզի Ղրիմսկ քաղաքի սելեկցիոն փորձարարական կայանի, հանրապետության ֆերմերային տնտեսությունների և անհատ հողօգտագործողների հետ: Ամբիոնի աշխատակիցները մասնակցում են հանրապետության տարբեր մարզերում իրականացվող մասնագիտական խորհրդատվական աշխատանքներին:
Ամբիոնում տարբեր մասնագիտությունների գծով գիտական աշխատանքներ են կատարում ասպիրանտներ և հայցորդներ: Հետևողական աշխատանք է տարվում նաև ուսանողների գիտական հետազոտությունների կազմակերպման ուղղությամբ: