Բաժինը ստեղծվել է 2011 թվականին: Բաժնի ստեղծման համար հիմք է հանդիսացել Երևանի անասնաբուծական-անասնաբուժական ինստիտուտի կաթի և կաթնամթերքների տեխնոլոգիայի ամբիոնի կաթնամթերքի պրոբլեմային լաբորատորիան՝ ԽՍՀՄ-ի կաթնամթերքի արտադրության առաջնակարգ գիտական կենտրոններից մեկը, որն հիմնադրվել էր 1959 թվականին պրո‎ֆ. Զ.Խ. Դիլանյանի նախաձեռնությամբ: 2011 – 2019 թթ բաժինը ղեկավարել է տեխն. գիտ. դոկտոր, պրո‎ֆ.‎‎‎‎‎‎‎ Ռ.Ա. Բեգլարյանը,  իսկ 2019 թվականից առայսօր այն ղեկավարվում է կենս. գիտ. դոկտոր, պրո‎ֆ.‎‎‎‎‎‎‎ Ա.Զ. Փեփոյանի կողմից:

Բաժինն ունի հարուստ պատմություն ուսումնասիրելու մագնիսական դաշտի, և ռենտգենյան և էլեկտրոնային փնջերի ճառագայթումների ազդեցությունը կաթնաթթվային մանրէների ֆիզիոլոգիա-մորֆոլոգիական, գենետիկական, կենսատեխնոլոգիական, կենսաքիմիական, կառուցվածքա-մեխանիկական և անվտանգության ցուցանիշների վրա: Աշխատակիցների կողմից մշակվել են կովի, այծի, ոչխարի կաթից, բուսական ծագման հումքից, դրանց խառնուրդներից մանկական դիետիկ, ինչպես նաև՝ թթու կաթնամթերքի և պանրի պատրաստման անթափոն տեխնոլոգիաներ և երկրորդային հումքի (թան, շիճուկ, յուղազուրկ կաթ) օգտագործման նոր  մոտեցումներ:

Գիտական հետազոտությունների ուղղություններից է տարբեր ծագմամբ կաթնաթթվային մանրէների առողջապահական, գյուղատնտեսական և էկոլոգիական նշանակությամբ նոր շտամների ընտրությունը, դրանց ֆիզիոլոգիական, կենսաֆիզիկական և կենսատեխնոլոգիական հատկությունների պարզաբանման հիման վրա՝ նոր ֆերմենտային պատրաստուկների, կենսաբանական ակտիվ նյութերի, կաթնամթերքի մերանների ստացումն ու առաջարկը:

Գիտահետազոտական աշխատանքների հիմնական նպատակներն են.

• • • • առաջնորդվելով «Մեկ Առողջություն» (One health) սկզբունքով, քննարկել կաթնաթթվային բակտերիաների դերը հող – բույս – կենդանի – մարդ շղթայի օղակներում՝ առանձնահատուկ ուշադրություն դարձնելով բուսական և կենդանական ծագմամբ հումքի և մթերքի վերամշակման տեխնոլոգիաների համահունչ մշակմանը:
      • մշակել/զարգացնել հակաբիոտիկային դեղամիջոցներին ալտերնատիվ նորագույն մոտեցումներ՝ բազմակայուն հիվանդածին բակտերիաների դեմ պայքարի համար:
      • տեղական հումքի հիման վրա մշակել/զարգացնել բարձր որակի և տնտեսապես ձեռնատու ֆունկցիոնալ կաթնամթերք:

Կրթական/խորհրդատվական աշխատանքներ. Բաժնի աշխատակիցները կրթական/խորհրդատվական աշխատանքներ են իրականացնում ինչպես ԲՈՒՀ-ի շրջանակներում, այնպես էլ ‎ՀՀ ֆ‎երմերային տնտեսությունների, կաթ, միս, ձուկ արտադրող և վերամշակող ձեռնարկությունների աշխատակիցների համար: Կազմակերպվում և անցկացվում են ՀՀ և միջազգային սեմինարներ, ուսուցողական դասընթացներ ժամանակակից տեխնոլոգիաների և սննդամթերքի անվտանգության, փորձաքննության, ստանդարտացման և սերտիֆիկացման վերաբերյալ:

Աշխատակիցների ղեկավարությամբ պաշտպանվել են 8 դոկտորական և 120-ից ավելի թեկնածուական ատենախոսություններ, ստացվել են 9 տասնյակից ավելի հեղինակային վկայագրեր, գյուտերի արտոնագրեր, պատենտներ, 50 տեխնիկական պայմաններ, հրահանգներ, մշակվել են 65 տեսակի կաթնամթերքների, մսամթերքների, ձկնամթերքների տեխնոլոգիաներ, որոնք ներդրվել են արտադրության մեջ (Գառնի, Հայկական, Արցախ, Զովաշեն և այլ պանիրներ, Արաքս, Մասիս, Անարեքս և մսային և ձկնային հումքից և ենթամթերքներից պահածոների արտադրության եղանակով և այլն): Վերջին 5 տարիների ընթացքում բաժնի աշխատակիցների կողմից հրատարակվել են տասնյակ ուսումնամեթոդական ձեռնարկներ և բրոշյուրներ, գիտական հոդվածներ: