ՀԱԱՀ-ի հաշվապահությունն իրականացնում է համալսարանի ֆինանսատնտեսական գործունեության հաշվառումը: Աշխատանքները կազմակերպվում են համաձայն ՀՀ հաշվապահական հաշվառման մասին օրենքների և պետական մարմինների կողմից ընդունված իրավական ակտերի: Ֆինանսական հաշվետվությունները կազմվում են հաշվապահական հաշվառման միջազգային ստանդարտներին համապատասխան:
2000թ.-ից կիրառվում է ժամանակակից հաշվապահական ծրագիր, որը տարբեր օրենքների ստանդարտների փոփոխություններին համընթաց կատարելագործվում է:
Հաշվապահությունը համակարգում է նաև Վանաձորի, Սիսիանի մասնաճյուղերի, Բալահովիտի, Ոսկեհատի ուսումնափորձնական տնտեսությունների, ՀԱԱՀ-ի վարժարանի, քոլեջի, «Զարթոնք» հանգստյան տան ֆինանսատնտեսական գործունեությունը:
Երևանի անասնաբուծական-անասնաբուժական և Հայկական գյուղատնտեսական ինստիտուտներում հաշվապահությունները նախկինում ղեկավարել են Ս.Պողոսյանը, Ա.Մարությանը, Ս.Սուքիասյանը, Ն.Մկրտչյանը, Է.Եղյանը, Ջ.Գրիգորյանը, Ա.Շահնազարյանը, Ռ.Բադալյանը, Վ.Շիրակունին, Յու.Բարսեղյանը, Օ․Բավինան։