НАУА прошел аккредитацию согласно п. 11 решения Правительства РА N 978 от 30 июня 2011 г., и решением комиссии по аккредитации фонда «Национальный центр обеспечения качества профессонального образования» от 21 марта 2015 г. НАУА присуждена институциональная аккредитация.
Вуз прошел первую институциональную аккредитацию в 2012 г., а в 2015 г. получил аккредитацию, действительную 4 года.
Аккредитация 2012 г.
Магистерская программа Национального аграрного университета Армении “Аграрный менеджмент”, реализуемая НАУА совместно с Университетом прикладных наук Вайенштефан (Германия), в 2016г. получила акредитацию Института контроля и аккредитации качества образования Федеративной Республики Германия (ACQUIN).