Профсоюзная организация НАУА была создана в 1995г. в результате объединения профсоюзных организаций Армянского сельскохозяйственного и Ереванского зооветеринарного институтов. Первым председателем объединенной профсоюзной организации был Р.А.Товмасян, позднее — доцент Г.А.Закарян, профессора Т.З.Папоян и В.В. Абраамян. В настоящее время председателем профорганизации является доцент А.Г. Агаджанян. На всех факультетах и в подразделениях НАУА созданы первичные профсоюзные организации, которые объединяют более 900 членов. Профорганизация осуществляет свою работу посредством действующих в ее составе комиссий.

Сфера деятельности профорганизации широка: решение социально-экономических и трудовых проблем сотрудников и студентов, организация отдыха, обеспечение лечения и безопасности труда, защита прав и интересов работников. В реализуемых социальных программах значительное место занимает последовательная помощь наиболее нуждающимся сотрудникам и студентам: им регулярно оказывается материальная помощь. Сотрудникам НАУА предоставляются путевки со скидками в дом отдыха “Зартонк” в Агавнадзоре. В пансионате организуются также новогодние мероприятия. По инициативе профсоюзной организации и при ее непосредственном участии начались работы по озеленению территорий, прилегающих к корпусам НАУА.

Профсоюзная организация отмечает юбилеи всех сотрудников. Внимания удостаиваются также студенты и преподаватели, занявшие призовые места на спортивных состязаниях, в интеллектуальных конкурсах, успешно выступавшие на конференциях. Ежегодно проводится присуждение приза «Золотой колос», поощряется также участие в КВН, деятельность шахматного клуба НАУА. Были организованы встречи с армянскими олимпийскими чемпионами, с известными шахматистами. Ежегодно профсоюз совместно с ректоратом отмечает 9-е мая — День освобождения Шуши и День Победы. В связи с праздником всем ветеранам войны – сотрудникам университета вручаются грамоты, благодарности и денежная помощь. Студенты и сотрудники НАУА посещают пантеон на Ереаблур, возлагают цветы к могилам студентов, павших в Арцахской войне. Семьям погибших и пропавших без вести во второй Арцахской войне 2020 г., а также ее участникам выделена материальная помощь. С большой торжественностью отмечается Международный женский день — 8-ое марта, а 28 января – День армянской армии. Мужчины и женщины получают подарки, многолетние сотрудники награждаются грамотами. В связи с новогодними праздниками сотрудникам преподносят вино «Серунд», производимое в учебно-научном центре вина Воскеатского УОХ, и шоколадные плитки, производимые в лаборатории хлеба, кондитерских изделий и шоколада.

Ведется активная работа по развитию культурной жизни университета. Совместно с библиотекой организуются встречи с известными деятелями культуры и литературы. Отмечаются юбилеи выдающихся людей, различные памятные даты. Заключены договоры почти со всеми театрами республики, а также с компанией «Зартонк», организующей творческие вечера известных поэтов. Тем самым сотрудникам НАУА предоставляется возможность бесплатно посетить многочисленные представления и концерты.

В связи с профессиональными праздниками сотрудники университета награждаются за многолетний добросовестный труд памятными подарками. При поддержке ректората и просоюзной организации университета проводятся курсы повышения квалификации профессорско-преподавательского состава, вспомогательного состава, сотрудников подразделений.