Деятельность отдела направлена на обслуживание, управление и развитие официального сайта университета; координацию деятельности электронных деканатов; внедрение обучающих и образовательных электронных программ; управление и обслуживание программных и технических систем для внутреннего документооборота; совершенствование единой информационной сети университета; обеспечение видеоаудиосвязи университета и дистанционного обучения; управление системой электронной почты и ее развитие.
Внедрение созданной отделом пилотной системы электронных деканатов имеет большое значение для развития процесса электронного обучения. Сегодня ведущие государственные вузы республики выразили готовность перенять опыт аграрного университета в данной области и желание внедрить у себя подобные программы. Первоочередная задача отдела – поступательное совершенствование официального сайта университета.

После окончания 44-дневной войны отдел управления информационными системами спроектировал и запустил сайт «Мемориал» (memorial.anau.am). Цель создания сайта – рассказать о погибших студентах, выпускниках, скончавшихся преподавателях университета, о пройденном ими пути. Сайт обеспечивает непосредственное общение с читателем. Здесь каждый может поместить воспоминания, истории о своих друзьях, зажечь символическую свечу, сохраняя тем самым память о них.