Аппарат Национального аграрного университета Армении руководствуется в своей деятельности уставом университета, принимаемыми решениями и другими актами. К основным задачам и функциям руководителя аппарата относятся координация и контроль деятельности отдела управления человеческими ресурсами, архивного и издательского отделов, отдела информации и связей с общественностью, отдела развития карьеры и непрерывного образования, общего отдела, а также медпункта.
Руководитель апппарата несет также ответственность за организацию и проведение общеуниверситетских мероприятий. Кроме того, он осуществляет контроль за исполнением поручений ректора. Руководитель аппарата вправе следить за соблюдением сотрудниками трудовой дисциплины и принимать меры по ее улучшению.