Бухгалтерия НАУА производит учет финансово-хозяйственной деятельности университета. Работа организуется в соответствии с законом РА “О бухгалтерском учете” и правовыми актами, принятыми государственными органами. Финансовая отчетность составляется в соответствии с международными стандартами бухгалтерского учета.
С 2000 г. применяется современная бухгалтерская программа, которая совершенствуется в соответствии с изменениями законов и стандартов.

Бухгалтерия координирует также финансовую деятельность Ванадзорского, Сисианского филиалов, учебно-опытных хозяйств Балаовита и Воскеата, лицея и колледжа НАУА, дома отдыха “Зартонк”.
В различные годы бухгалтерией Ереванского зоотехнико-ветеринароного и Армянского сельскохозяйственного институтов руководили С.Погосян, А.Марутян, С.Сукиасян, Н.Мкртчян, Э.Егян, Д.Григорян, А.Шахназарян, Р.Бадалян, В.Ширакуни, Ю.Барсегян, О.Бавина, А.Айрапетян.